一、从定义看不同
家庭农场是以家庭成员为主要劳动力(与国有农场、资本农场等区别开)，从事农业规模化、集约化、商品化生产经营，并以农业收入为家庭主要收入来源的生产组织。
农民专业合作社是在农村家庭承包经营基础上，同类农产品的生产经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、利用者，自愿联合、民主管理的互助性经济组织。这里需要强调的是家庭农场是生产组织，发展生产是家庭农场的主要任务。农民专业合作社是互助性经济组织，帮助家庭农场发展生产，做好产前、产中、产后服务是农民专业合作社的主要任务。
二、从类型看不同
2016年中央一号文件中有这句话：积极培育家庭农场、专业大户、农民合作社、农业产业化龙头企业等新型农业经营主体。
也就是说我国的新型经营主体包括种养殖大户、家庭农场、农民专业合作社和农业产业化企业。因此家庭农场、农民专业合作社是新型经营主体的不同类型。
三、从特征看不同
家庭农场有四大特征：
1.以家庭成员为主要劳动力;
2.适度规模种、养殖;
3.以农业收入为家庭主要收入来源;
4.符合其他各省申报标准。
合作社有六大特征：
1.至少要有五名以上农户发起成立，农民成员至少占80%以上，成员没有上限，可以跨地区发展社员;
2.对土地规模没有要求，但要有营业场所和注册资金;
3.农民入社自愿，退社自由，实行民主管理;
4.主要针对社员开展业务 ;
5.合作社业务包括农资、农产品的销售、运输、储藏、加工等;
6.在县级以上工商局登记注册，取得营业执照。
四、从职能看不同
家庭农场适宜农业生产,主要以种养业为主，很难延伸产业链至农产品加工业以及前期的产品研发。
合作社从事的可以是生产、加工、流通、服务业务，甚至可以涉及到内部的金融业务，是一种侧重于资源整合的组织形式。
从长远发展来看，家庭农场有更多的自主性，但是发展形式可能受限；农业合作社发展路径更多，受其他因素的影响面也多。
